Esta colección fue incorporada a la Fototeca Nacional en los primeros meses de 1978, procedente de la Fototeca de Culhuacán, primera con tal concepto en el país y en donde se había instituido un apartado Prehispánico, que pretendía dar cuenta del trabajo del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) en torno al pasado precolombino.
En él se encontraba una parte de los materiales históricos del Museo Nacional, otras permanecen en la Coordinación Nacional de Arqueología, la Biblioteca Nacional de Antropología e Historia y el Archivo Histórico del Museo Nacional de Antropología. Lamentablemente, en el transporte y subsecuente clasificación en la Fototeca Nacional, estos materiales se mezclaron con los de la Colección Culhuacán.
En la actualidad, la Colección está conformada por 73,552 piezas (28,530 negativos y 45,022 positivos) que van de la segunda mitad del siglo xix a cerca de 1970. Originalmente, estuvo organizado en aproximadamente 250 álbumes que reunían impresiones antiguas y contemporáneas de diversos sitios arqueológicos, y contaban con una referencia a un negativo que podía ser original, o realizado a partir de un positivo antiguo. Entre las imágenes figuran las donadas por extranjeros que realizaban exploraciones, quienes debían obtener el permiso del antiguo Museo para llevar a cabo sus trabajos, y como parte de los acuerdos, enviaban informes acompañados con fotografías, práctica aún vigente en el inah.
Asimismo, en esta colección se hallan los registros de investigaciones desarrolladas a partir del Museo, como las de Leopoldo Batres, al igual que la documentación de piezas resultado de las excavaciones, donaciones o requisiciones, con frecuencia dispuestas en sugerentes composiciones. Por lo consiguiente, el cuantioso acervo resguarda vistas de sitios arqueológicos antes y después de los trabajos de desmonte, así como imágenes de los principales edificios y monumentos, los procesos de excavación y restauración – en los que a veces aparecen los arqueólogos y trabajadores de la zona-, y la vida en los campamentos.
Con la creación del Instituto se formó la Dirección de Monumentos Prehispánicos, la cual se abocó a la custodia y conservación del patrimonio arqueológico, y a la exploración e investigación de las zonas. Ignacio Marquina asienta que Luis Limón, quien había colaborado con Alfonso Caso e Ignacio Bernal, organizó el archivo de materiales fotográficos sobre arqueología.
Muy diferentes de las imágenes de ruinas antiguas hechas por viajeros como Désiré Charnay –que inauguraron un nuevo género de la fotografía mexicana, mezcla de romanticismo y asombro ante los vestigios arqueológicos, tan lejanas a la precisión científica como espectaculares- la mayoría de las fotografías del siglo xx, son testimonios puntuales del proceso de excavación arqueológica y sus hallazgos. Sin pretensiones estéticas, son el auxiliar perfecto para documentar lo que el arqueólogo ve: los hallazgos tal y como aparecieron in situ, las capas y los colores de la tierra, las fases constructivas, la colocación de unas piezas respecto de otras, las formas de los entierros, las dimensiones de los objetos y la orientación que tenían originalmente. Por ello es común que aparezcan con escala, orientadas al norte y con los números de referencia topográfica que identifican la cala.
Desafortunadamente, parte de los registros fotográficos sin datos precisos en cuanto al sitio, fecha, arqueólogo encargado del proyecto y fotógrafo. No obstante, las imágenes constituyen una rica fuente para la investigación en este ámbito, ya que aportan información de primera mano sobre la historia de la arqueología en nuestro país, y dan fe de la inmensa labor de registro que se realizó y que sigue llevando a cabo en el inah.