En el caso de las primeras décadas después de la conquista española, la labor de los tlacuilos (pintores, escribanos) continuó, pero ahora dentro de un nuevo orden social. Autoridades centrales y locales novohispanas, ante la necesidad de cumplir con sus funciones, dieron trámite a muchos asuntos administrativos y de justicia relacionados con los pueblos indígenas, en cuya labor estuvieron ayudados por indígenas bilingües. Los religiosos, por su parte, para lograr su cometido de evangelización se dieron a la tarea de redactar vocabularios, gramáticas y obras de teatro evangelizador en lenguas indígenas. Testimonios de esta rica y vasta producción de manuscritos que se generaron durante la época colonial y llegaron al siglo XX, se encuentran custodiados en la BNAH, en ña sección de testimonios pictográficos y en nueve colecciones de la Sección de Manuscritos. Son de particular interés los Libros de Tributos del Marquesado del Valle, escritos en náhuatl y que datan del siglo XVI. En maya se destacan los cuatro libros de Chilam Balam, y tres interesantes documentos en lengua mixe, entre otros. Muchos de estos documentos son inéditos y representan fuentes primarias para el conocimiento de la historia y cultura de los pueblos indígenas.